La escuela comenzó a funcionar el 7 de marzo de 1878 en una casa en la calle Uruguay 1149, frente a la Plaza 18 de Julio (hoy Plaza Artigas). Su primera Directora fue la Sra. Deolinda Bajac.

Se llamaba entonces Escuela Nº 1 de 2do. grado para niñas, teniendo una inscripción de 90 alumnas. En julio de 1900 cambió a N° 3 y en 1924 se le puso el nombre de José Pedro Varela.

Debido a múltiples mudanzas de locales, a esta escuela salteña se la conoció como escuela peregrina, pero en setiembre de 1988 se inauguró un edificio escolar propio, en Brasil y Viera, que había comenzado a construirse ocho años antes.